Organisasjonens øverste organ er landsmøtet. Gynkreftforeningen ledes av et hovedstyre bestående av seks medlemmer. En i styret er ungdomsrepresentant. Hovedstyret møtes cirka seks ganger per år. Hovedstyret er det øverste organ i organisasjonen mellom hvert landsmøte.
Organisasjonen skal i alle landets fylker være representert med en fylkeskontakt.
Vi har ti lokallag, og det pågår arbeid for å etablere flere. Samtlige verv i organisasjonen er ulønnet. Organisasjonens drift baserer seg på midler tildelt av Barne- ungdoms- og familieetaten, Kreftforeningen, medlemskontingent og annen støtte.
Videre har gynkreftforeningen vektlagt å utvikle organisasjonen, og er aktive i arbeidet for de gynekologisk kreftrammede både regionalt og sentralt. Gynkreftforeningen har representanter i ulike brukerutvalg, og flere har sagt seg villige til å ta et slikt verv. En av hovedstyrets medlemmer er i Kreftforeningens arbeidsgruppe som utformer fremtidens felles organiseringen/ opplæring av representanter til brukerutvalgene.
